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Ensembl gene IDから遺伝子シンボルを取得する

EnsemblのGene IDが得られても、何の遺伝子か調べるのに結構手間が掛かって、たくさんの遺伝子情報から何かものを考えようと思うときに、以外に手間取りました。ヒト・マウス以外では使えないツールばっかりしかなかったので、ウシとかはとくにめんどくさかった、ということで、EnsembleのID listを入れるとSymbolと、その遺伝子のスタートポジションを返してくれるJavascriptを作製してもらいました。個人的な利用なので、あれですが、使ってみたい方はどうぞ。

Ensembl Scanner

ThunderBird(Toyobo)を用いたCoCoMo-qPCRーABI7500Fast版

Thunderbird(Toyobo)を使用してCoCoMo-qPCRを行う場合、検量線のカーブがおかしくなる事例が報告されています。
現在、理研で検討した結果行っているABI7500Fast用プロトコルを掲載します。

<PCR反応液>

2μL  CoCoMo-Primer (x10)

3μL  CoCoMo Probe

10 µL  Thunderbird qPCR Mix

0.04 µL    Rox

4.96 μL   検体サンプル

<PCR Cycle>
50℃ 2min (必要ないと思われますが、一応)*2016/7/27修正。このステップはない方がうまくいくようです。
95℃ 20 sec
——–
95℃ 15 sec —①
60℃ 1 min —② :45 Cycle
——-
問題が生じている場合、是非試してみていただけたらと思います。

Rでベン図作成

Hiroki Otsuka様のページを参考にさせていただきました。ありがとうございます。

install.packages(“VennDiagram”, repos=”http://cran.ism.ac.jp/”) #はじめだけ。インストール
library(VennDiagram)#2回目はここから

pdf(“ファイル名.pdf”)#PDFで出力するとき
draw.triple.venn(
area1 = 45, #エリアAの全数
area2 = 44, #エリアBの全数
area3 = 48+19, #エリアCの全数
n12 = 38, #エリアB+エリアAの数
n23 = 42, #エリアB+エリアCの数
n13 = 44, #エリアA+エリアCの数
n123 = 38, #エリアA+エリアC+エリアBの数(中心の数)
reverse = T, #縦軸での対称変換
rotation = 1, #カテゴリー配置の時計回り回転(デフォルト1)
rotation.degree = 60, #図全体の回転度
lty = c(1,1,1), #線の種類
lwd = c(3,3,3), #線の太さ
cex = 4, #中の字の大きさ
category = c(“gp51”, “p24”, “CoCoMo”), #カテゴリー名
cat.cex = c(3, 3, 3), #カテゴリー名の大きさ
cat.col = c(“blue”, “red”, “green”), #カテゴリー名の色
fill = c(“blue”, “red”, “green”), #それぞれの領域の色
cat.pos = c(225, 0, 144), #カテゴリー名のポジション(角度)
cat.dist = c(0.06, 0.07, 0.08), #カテゴリー名の離れ具合
euler.d=FALSE,
scaled=FALSE,
margin = 0.05 #周囲のマージン
)
dev.off()
q()