MrBayesによる系統樹作成法(BLV envを解析した時のメモ)

仲田様のホームページ

のMrBayes 3.1.2 を用いた系統解析 on windowsを参考にさせていただきました。ありがとうございました。手順だけ載せてますので、詳しい解説は、中田様のホームページやMrBayesのマニュアルを参考にしてください。

<蛋白質をコードするDNA配列の場合>

  1. MrBayes:Bayesian Inference of PhylogenyのページからMrBayesをダウンロードしてインストール。
  2. Clustal Xなどでアライメントを作成し、NEXUS形式で保存。
  3. Editorで作成した.nxsファイルを開けて、symbols=”ABCDEFGHIKLMNOPQRSTUVWXYZ” の行を削除。”interleave”を”interleave=yes”に変更
  4. ファイルの最後に

BEGIN MRBAYES;
charset 1st_pos=1-.\3
charset 2nd_pos=2-.\3
charset 3rd_pos=3-.\3
partition by_codon = 3:1st_pos,2nd_pos,3rd_pos;
set partition = by_codon;
lset nst=6;
prset ratepr=variable;
END;

を挿入し、gene.bayとしてファイルをmrbayes.exeがあるフォルダに保存

begin mrbayes;
log start filename=Gene1.log replace;
mcmcp ngen=10000 printfreq=1000 samplefreq=100
nchains=4 savebrlens=yes filename=Gene1;
mcmc;
log stop;
end;
こうして編集したファイルを mcmc.bay として保存する。

準備が終わったら以下のコマンドを実施

mrbayes.exe

execute  gene.bay

exe mcmc.bay

解析を続行するかどうか聞かれるので、世代を増やして収束するまで続ける。ASDSF値が0.01より低くなるまで。

sump burnin=世代数÷100÷4

->1,2,*がばらついていること。そしてPSRF値が0.9-1.1の間に入っていることを確認。

sumt burnin=世代数÷100÷4

で、系統樹、gene.conが出力される。

FigTreeTreeGraphで系統樹を確認できる。

 

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